Con Paco Flores como entrenador, el club consigue su tercera Copa del Rey en la temporada 1999-2000, el mismo año de su centenario, en una final disputada contra el Atlético de Madrid (2-1) en el Estadio de Mestalla. En honor al centenario de la entidad, el club recibe de la Generalidad de Cataluña el Premio Cruz de Sant Jordi, y el 14 de noviembre de 1999, se juega el partido que inauguraba los actos del centenario en el Estadio Olímpico de Montjuïc (renombrado en 2001 como Estadio Olímpico Lluís Companys), en el que el R. C. D. Espanyol derrotó a la Selección Argentina de Fútbol por 2 goles a 0. La remontada patrimonial de la entidad se inicia con la construcción de una Ciudad Deportiva propia en San Adrián de Besós, inaugurada en 2001, y la colocación de la primera piedra del nuevo estadio del club en 2003, situado entre los municipios de Cornellá de Llobregat y El Prat de Llobregat, y financiado por un crédito concedido por cinco entidades financieras por un total de 55 millones de euros.
