Para la temporada siguiente, asumió como técnico de Liga de Quito el chileno – argentino Claudio Borghi, quien no lo consideró en la pretemporada del 2016. Jonatan faltó a una práctica el 1 de febrero y Borghi no lo dejó ser parte de los entrenamientos. Fichó por Liga Deportiva Universitaria de Quito para la temporada 2015/16, como gran objetivo de ganar la Copa Sudamericana.
