Su última actuación en campeonatos organizados por la AUF hasta entonces había sido en el torneo de Segunda División Profesional de 2000. A fines de ese año, tercera equipacion barcelona se fusiona con Villa Teresa (y más tarde con Huracán) dando origen a Alianza Fútbol Club. Bajo dicha denominación, disputaría los campeonatos de Segunda División de 2002, 2003 y 2004, año en el que, por problemas económicos, el club es obligado a desafiliarse, barça camiseta disolviéndose la fusión entre los tres equipos.
